Пцр как сдавать мужчине: зачем делают анализ, что он показывает и как подготовится к процедуре?

Случайная связь. Каков риск половой инфекции?

Лучшая защита от болезней, возникающих «из-за любви» – это настоящая любовь и верность своему партнеру. К сожалению, найти свою вторую половинку в нашем огромном мире трудно. А подхватить ИППП  (инфекции, передающиеся половым путем) – достаточно легко.  

Почему ИППП легко передаются?

Дело в том, что на фоне распространенного применения антибиотиков и противовоспалительных средств, симптомы любой половой инфекции могут быть смазаны. То есть человек может быть уверен, что он здоров, а на самом деле быть носителем хламидии и заразить этой инфекцией своего полового партнера. Как вернуть себе спокойствие, если в вашей жизни произошли перемены или вы думаете, что могли встретиться с половыми инфекциями? Разумеется, только одним способом – своевременно и качественно обследоваться.

Когда пора идти сдавать анализы после подозрительного контакта?

Если есть симптомы дискомфорта, то уже пора обследоваться. Если же никаких тревожных симптомов нет, лучше подождать пару-тройку недель. Дело в том, что чувствительность анализов в первые дни после инфицирования – очень низка. Но если симптомы уже возникли, откладывать сдачу анализов точно не имеет смысла.

Какие анализы нужно сдавать, если есть подозрение на половую инфекцию?

Прежде всего нужно обследоваться на хламидии (вызывают хламидиоз), гонококк (виновник гонореи), микоплазму гениталиум (вызывает микоплазменную инфекцию) и трихомонады (причину трихомониаза).  Это – четверка возбудителей наиболее распространенных половых инфекций. Симптомы этих заболеваний схожи и в случае их обнаружения обязательно нужно лечиться, потому что их последствия могут быть очень серьёзными.  Для анализа берется урогенитальный соскоб (у мужчин из уретры, у женщин – вагинальный), анализ нужно делать методом ПЦР, этот метод наиболее точный и чувствительный в этом случае.

Чем опасны венерические болезни?

Хламидии чаще всего вызывают урогенитальный хламидиоз, который поражает мочеполовые пути. Болеют им и мужчины, и женщины, но у женщин эта инфекция диагностируется чаще, возможно потому, что женщины более внимательны к своему здоровью. Среди многочисленных осложнений наиболее известны эндометрит и бесплодие у женщин и эпидидимит у мужчин, а также реактивный артрит и конъюнктивит у людей обоего пола. Наиболее опасен хламидиоз для беременных, так как приводит к выкидышам, недоношенности или гибели плода.

Другое распространенное венерическое заболевание — гонорея (гонококковая инфекция). Хроническая гонорея опасна поражениями мочевого пузыря, почек, простаты и яичек у мужчин, матки и маточных труб у женщин.

Третья инфекция — трихомониаз – вызывает у мужчин простатит, уретрит, поражение семенных пузырьков и придатков яичек. У женщин — уретрит, воспаление влагалища и шейки матки.

Наконец, микоплазма вызывает воспалительные заболевания органов малого таза, уретрит и другие болезни. Не говоря о том, что все четыре эти инфекции могут затруднять течение беременности и ее наступление.

Сколько обычно проходит времени от заражения до появления симптомов ИППП?

Острая форма хламидиоза начинается через 2-4 недели после инкубационного периода. Микоплазма может обнаружить себя чуть позднее – через 3-5 недели после заражения. Гораздо раньше обычно проявляются гонорея и трихомониаз. Как правило, при любых половых инфекциях возникают боль, жжение, гнойные или слизистые выделения из половых органов, а порой даже небольшая (субфебрильная) температура. Зная об этом, некоторые люди проявляют настороженность в течение месяца, и если ничего подобного с ними не происходит, то успокаиваются. А зря, ведь в половине случаев половые инфекции протекают бессимптомно или с незначительными проявлениями, которые зачастую исчезают при переходе инфекции в хроническую форму. Тем не менее, сами по себе эти заболевания излечиваются очень редко. Чем раньше обнаружить любую из половых инфекций – тем быстрее и успешнее удастся вылечиться, чего, увы, не скажешь о запущенных формах, избавиться от которых, а также от вызванных ими осложнений, очень сложно. Поэтому с анализами лучше не слишком тянуть. Чтобы определить максимальный спектр возможных возбудителей половых инфекций, можно воспользоваться комплексным лабораторным тестом – ДНК возбудителей ЗППП.

Говорит, что провокация в виде пива, соленой или острой еды перед исследованием повышает точность исследования?

Любая подобная провокация может обострить имеющиеся хронические заболевания желудочно- кишечного тракта, печени и почек. На точность выявления половых инфекций такое действие не повлияет. С позиции доказательной медицины применение биологических, химических и пищевых провокаций с целью повышения эффективности диагностики урогенитального трихомониаза и других ИППП совершенно нецелесообразно. Чтобы анализ не обманул, нужно просто делать его подходящим методом. Например, российская ассоциация дерматовенерологов рекомендует для этой цели использовать только ПЦР в реальном времени, как наиболее чувствительный, специфичный и быстрый метод диагностики. Для анализа у женщин, как правило, берется вагинальный соскоб или соскоб из цервикального канала, у мужчин — мазок из уретры. Затем методом ПЦР выделяется ДНК возбудителя. Через 1-2 дня анализ будет готов. Метод ПЦР отлично подходит для первичной диагностики имеющегося заболевания, для использования его для контроля после лечения нужно понимать суть метода. Антибиотики убивают возбудителя ИППП, но его ДНК (генетический материал) может сохраняться в клетках эпителия урогенитального тракта еще пару недель. Поэтому нельзя рано делать контрольный анализ после окончания курса лечения, так как не исключена возможность получения ложноположительного результата. Нужно выдержать паузу перед сдачей анализа: как минимум 3 недели после приема последней таблетки.

Сдать анализы на скрытые инфекции у мужчин в СПб: цены в клинике Даная

По статистическим данным скрытые инфекции у мужчин встречаются намного чаще, чем у женщин, что объясняется большим количеством партнеров и частым несоблюдением условий безопасной половой жизни.

Стоимость анализов

Смотреть все цены

Запись к врачу

Особенности протекания инфекций

Скрытые инфекции характеризуются длительным инкубационным периодом. После того, как вирус попадает в кровь, он может длительное время не проявляться, и только тогда, когда под воздействием внешних факторов иммунитет человека ослабнет, например, во время эпидемии респираторных инфекций, отметится ухудшение общего самочувствия, появится сыпь, зуд, боли и дискомфорт.

Последствия, которые имеют скрытые инфекции, могут быть очень серьезными, если диагностика и правильная терапия не были вовремя назначены. Поэтому сдать анализ на скрытые инфекции мужчине следует даже при отсутствии симптомов соматических патологий.

Впрочем, иногда ИППП (инфекции, передающиеся половым путем) начинают оказывать негативное влияние на организм еще на стадии инкубационного периода: в этом случае появляется зуд в области паха и воспалительные поражения слизистой полости рта, носа, гортани, глаз.

Заболевание поражает организм постепенно, начиная с половых органов, продолжая выделительной системой (мочеточники, мочевой пузырь, редко – почки). У мужчин процесс перехода инфекции по восходящей линии протекает дольше из-за специфики строения и длины мочеиспускательного канала. Это дает возможность при своевременном и правильном лечении сохранить здоровье мочевыделительной системы.

Скрытые инфекции у мужчин способны привести к нежелательным последствиям: вирусы имеют свойства образовывать спайки в тканях половых органов, что влечет за собой снижение функции репродуктивной системы и половой активности.

Как выявить скрытые инфекции?

Современная диагностика дает возможность выявить наличие в крови человека тех или иных вирусов еще до наступления фазы их активности. Такой метод исследования, как ПЦР (полимеразная цепная реакция), позволяет увидеть отклонения от нормальных показателей быстро и точно.

Для того чтобы провести лабораторное обследование, требуется сдать анализы. Чтобы быть уверенным в точности и правильности полученных данных, необходимо серьезно подойти к вопросу выбора клиники.

Клиника «Даная» проводит анализы на скрытые инфекции у мужчин в Санкт-Петербурге, а также дает возможность получить консультацию у специалиста, который оценит степень выраженности проблемы, выявит сопутствующие заболевания и назначит адекватное лечение.

Исследования на скрытые инфекции могут включать в себя посев на чувствительность к антибиотикам, который дает возможность назначить правильное лечение сразу, исключив резистентность организма к лекарству.

Клиника «Даная» предлагает высокий сервис по оптимальной цене, доступной каждому.

Задайте ваш вопрос

Обследование на «скрытые инфекции» — сдать анализ в Едином медицинском центре в СПб

Выявление НК Gardnerella vaginalis, НК Trichomonas vaginalis, НК Chlamydia trachomatis, НК вируса папилломы HPV 16, 18 тип, НК Муcoplasma, НК вируса герпеса человека 1 и 2 типа, НК Ureaplasma, НК Neisseria gonorrhoeae, микробиоценоз, забор биоматериала, консультация врача по результатам

Известно, что при сексуальных контактах передается более 30 различных бактерий, вирусов и паразитов. С наибольшей заболеваемостью связаны восемь из этих патогенов. Четыре из этих восьми инфекций в настоящее время излечимы — это сифилис, гонорея, хламидиоз и трихомониаз. Другие четыре инфекции являются вирусными и не лечатся — это гепатит В, вирус простого герпеса (ВПГ, или герпес), ВИЧ и вирус папилломы человека (ВПЧ). Симптомы или воздействие не поддающихся лечению вирусных инфекций можно уменьшить или изменить с помощью терапии.

ИППП передаются преимущественно при сексуальных контактах, включая вагинальный, анальный и оральный секс. Микроорганизмы, вызывающие ИППП, могут также распространяться при переливании продуктов крови и пересадке тканей. Многие ИППП, включая хламидиоз, гонорею и, главным образом, гепатит В, ВИЧ и сифилис – могут также передаваться от матери ребенку во время беременности и родов.

Поскольку скрытые инфекции зачастую выявляются на поздней стадии, их последствия могут быть очень серьезными. Очень часто они приводят к бесплодию у мужчин и у женщин. В результате скрытых инфекций развиваются такие заболевания, как простатит, везикулит, эпидидимит, онкологические заболевания.

В связи с этим очень важно диагностировать наличие скрытых инфекций своевременно. Первыми симптомами чаще всего являются дискомфортные ощущения, жжение, зуд в области половых органов. При первом появлении таких симптомов необходимо сразу же обратиться к врачу и пройти обследование. Также обследование рекомендовано после половой связи с партнером, в котором вы не уверены.

Как подготовиться к сдаче анализов на скрытые инфекции мужчине?

Желательно 1–2 суток воздержаться от половых контактов. Вечером накануне нужно принять душ. А утром перед исследованием не мочиться хотя бы 2–3 часа.

Как подготовиться к сдаче анализов на скрытые инфекции женщине?

Забор анализов на половые инфекции у женщин максимально информативен в первые дни после месячных. Также рекомендуется перед сдачей биоматериала воздержаться от половых контактов на срок не менее трех суток.

Очень важно знать что, бактериологические исследования исключают возможность приема антибиотиков в любом виде, поэтому рекомендуется сдавать анализы не раньше, чем через 2 недели после прекращения приема антибиотиков.

Единый медицинский центр с целью ранней диагностики заболеваний предлагает обследование мужчин и женщин на «скрытые инфекции» методом ПЦР, в который входит прием врача, забор биоматерала, мазок на микробиоценоз и перечень основных ПЦР.

Так же предлагается новый комплекс ПЦР полный, который включает все ПЦР инфекции, в том числе ВПЧ с генотипированием и выявление Candida. Прием врача в комплекс не входит, но он удобен, если вы желаете проверить себя и своего партнера для профилактики.

Исследования на ПЦР в данном разделе совершается качественным методом, поэтому результат будет понятен каждому, сдавшему анализ. При необходимости консультации, всегда можно оформить прием специалиста.

Анализы крови на ВИЧ, сифилис и гепатиты В и С не входят в комплекс, но их вы можете так же сдать в нашем медицинском центре. Информацию о стоимости и сроках выполнения, вы можете получить по ссылке.

Подробную информацию о стоимости услуг вы также можете уточнить по телефону: (812) 318-05-67.

Андрофлор, сдать мазок на микрофлору мужчинам

Метод определения

полимеразная цепная реакция (ПЦР) с детекцией результатов в режиме реального времени.

Исследуемый материал
Соскоб эпителиальных клеток урогенитального тракта

Доступен выезд на дом

Краткое описание исследования «Андрофлор, исследование микрофлоры урогенитального тракта мужчин в соскобе эпителиальных клеток»

Комплексная количественная оценка микробиоценоза урогенитального тракта путем сравнения содержания конкретных представителей нормо- и условно-патогенной биоты с общей бактериальной массой (ОБМ) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией в режиме реального времени.  

Выявляемые показатели




Геномная ДНК человека (ГДЧ), общая бактериальная масса (ОБМ), Lactobacillus spp., нормофлора (Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Corynebacterium spp.). 

Условно-патогенные микроорганизмы (УПМ), ассоциированные с бактериальным вагинозом (Gardnerella vaginalis, Atopobium claster, Megasphaera spp./Veilonella spp./Dialister spp., Sneathia spp./Leptotrihia spp. /Fusobacterium spp., Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Mycoplasma hominis). 

УПМ анаэробы (Bacteroides spp./Porphyromonas spp./Prevotella spp., Anaerococcus spp., Peptostreptococcus spp. /Parvimonas spp./Eubacterium spp.). УПМ Pseudomonas aeruginosa /Ralstonia spp./Burkholderia spp. 

УПМ Heamophilus spp. 

УПМ Enterobacteriaceae spp./Enterococcus spp. 

Дрожжеподобные грибы Candida spp. 

Патогены (Mycoplasma genitalium, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Mycoplasma hominis). 

Candida spp. выявляют в абсолютных значениях, для безусловно-патогенных микроорганизмов (Mycoplasma genitalium, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis) проводят качественный анализ. 

С какой целью проводят «Андрофлор, исследование микрофлоры урогенитального тракта мужчин в соскобе эпителиальных клеток»

Исследование проводят для диагностики инфекционно-воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин, а также для контроля эффективности антибактериальной терапии.

Литература

Основная литература 

1. Долгов В.В., Луговская С.А., Фанченко Н.Д. Лабораторная диагностика мужского бесплодия. — М. Тверь: ООО «Издательство Триада». 2006:51-59.  




2. Arzola J.M., Hawley J.S., Oakman C. et al. A case of prostatitis due to Burkholderia Pseudomallei. Nature clinical practice. Urology. 2007;4(2):111-114.  




3. Deguchi T., Yoshida T., Miyazawa T. et al. Association of Ureaplasma urealyticum (biovar 2) with nongonococcal urethritis. Sexually transmitted diseases. 2004;31(3):192-195. 




4. Deguchi T., Shimada Y., Horie K. et al. Bacterial loads of Ureaplasma parvum contribute to the development of inflammatory responses in the male urethra. International journal of sexually transmitted diseases and acquired immunodificiency syndrome. 2015;26(14):1035-1039. 




5. Lisboa C., Ferreira A., Resende C. et al. Infectious balanoposthitis: management, clinical and laboratory features. International journal of dermatology. 2009;48(2):121-124.  




6. Manhart L.E., Khosropour C.M., Liu C. et al. Bacterial Vaginosis –Associated Bacteria in Men: Association of Leptotrichia/Sneathia spp. with Nongonococcal Urethritis. Sexually transmitted diseases. 2013;40(12):944-949.  




7. Инструкция по применению набора реагентов для исследования микрофлоры урогенитального тракта мужчин методом ПЦР в режиме реального времени. ООО «ДНК-технология». Регистрационное удостоверение № РЗН 2016/4490.

Сдать анализы на инфекции у мужчин в Перми: Анализы на половые инфекции мужчин

В нашей клинике можно пройти исследование на инфекции.

При планировании беременности или искусственного оплодотворения ЭКО врачи рекомендуют сдать анализы на половые инфекции у мужчин. Это необходимо для профилактики инфицирования женщины при зачатии и плода во время беременности.

Сдать анализы на половые инфекции мужчин в Перми можно в нашей клинике репродукции и здоровья. Позвоните, предложим удобное время, обеспечим прием без очереди.

Анализы на инфекции у мужчин

Супруги сдают на анализ мазки методом ПЦР:

• 
  Chlam.trachomatis
• 
  Mycopl.genetalium
• 
  U.urealyticum
• 
  Вирус простого герпеса (HSV) I II типов
• 
  Цитомегаловирус
• 
  На ВИЧ, сифилис, гепатит В и С
• 
  На наличие антител к краснухе в крови женщины

Этапы диагностики

1. 
   Консультация врача и забор биологического материала. У супругов забор материала осуществляется методом соскоба.
2. 
   Лабораторная диагностика. Исследование возбудителей методом ПЦР (определение РНК/ДНК возбудителей инфекций).
3. 
   Результаты. Если патогенная микрофлора не обнаружена, пара может вступить в программу ЭКО. Если инфекционные поражения обнаружены, назначается соответствующее лечение, ЭКО откладывается.

Стоимость будет зависеть от характера проблемы и выбранных путей ее решения. Цены услуг можно узнать на сайте или уточнить по телефону у администратора.

Чтобы получить консультацию специалиста и сдать необходимые анализы, оставьте заявку на сайте. Перезвоним, подскажем к какому врачу обратиться, предложим комфортные условия для прохождения диагностики и лечения.

Комплекс анализов для уролога. | Анализы для мужчин в CMD

Биоматериал

Для данного исследования лаборатория принимает следующий биоматериал:

• 
  Моча
• 
  Соскоб/отделяемое из уретры
• 
  Секрет предстательной железы

Подготовка к исследованию

Оформить запись к врачу-урологу на взятие секрета простаты для проведения исследования вы можете самостоятельно.

Условия подготовки определяет лечащий врач.

Взятие биоматериала рекомендуется проводить:

• Не ранее, чем через 48 часов после полового контакта;
• не ранее чем через 2 недели после лечения антимикробными препаратами;
• накануне исключить применение местных антисептиков, дезинфицирующих средств

Для мужчин:

Соскоб из уретры: рекомендуется сдавать через 2 часа после последнего мочеиспускания.

Моча: Сбор мочи проводят после тщательного туалета наружных половых органов. Освободить наружное отверстие мочеиспускательного канала, оттянув кожную складку. Первую порцию утренней мочи в количестве 10-15 мл собрать в контейнер пластиковый универсальный.

Взятие соскоба из урогенитального тракта для ПЦР-диагностики проводят во всех офисах CMD.

Список анализов для проверки партнеров

Регулярное обследование на наличие половых инфекций необходимо каждому человеку. Опасность заражения возникает еще при родах, в связи с чем у 5% детей находят подобные заболевания. А уж человек взрослый, живущий активной половой жизнью, точно не может быть полностью застрахован от их появления. Аккуратный выбор партнера и использование контрацептивов защищают в достаточной мере, но не сводят риск на нет. Поэтому прохождение анализов на половые инфекции является обязательной процедурой перед любыми изменениями в половой жизни.

Все подобные заболевания можно определить лабораторными методами. На сегодняшний день, с помощью высокочувствительных неинвазивных тестов (например, методика ПЦР), можно определить практически любую болезнь с точностью до 100%.

Если вы с партнером решили перейти на отношения без контрацепции либо готовитесь к беременности, то список необходимых анализов будет таким:

Основные инфекции, передающиеся половым путем (мазки ПЦР):

• Chlamydia trachomatis
• Trichomonas vaginalis
• Neisseria gonorrhoeae
• Mycoplasma genitalium

Даже если вы уже сдавали мазок на флору, лучше повторно сдать на ПЦР — он всегда чувствительнее и точнее.


⠀

Необходимые анализы крови:

• Антитела к ВИЧ
• Anti-HBс-total (гепатит В)
• Anti-HCV-total (гепатит С)
• Сифилис (анти-Tr. pallidum IgG/IgM)


⠀

Кровь рекомендуется сдавать на суммарные антитела — это лучше отражает все события в жизни партнера, такие как наличие предыдущих контактов, пройденное лечение и т.д.


⠀

К передаваемым половым путем инфекциям также относится вирус папилломы человека (ВПЧ) — самая распространенная вирусная инфекция половых путей. Большинство ведущих половую жизнь женщин и мужчин рано или поздно приобретают эту инфекцию, а некоторые могут заражаться несколько раз в течение жизни.




Анализ на выявление ВПЧ может отличаться в разных лабораториях, но наша клиника советует проходить на 15 типов с типированием и количественным показателем при обнаружении.


⠀

Помимо этого существуют такие вирусы, как Herpes simplex virus 1, 2 и Cytomegalovirus. Эти инфекции могут передаваться как половым путем, так и воздушно-капельным, с поцелуями и прочими контактами. Наличие этих инфекций не желательно на момент планирования беременности, поэтому лучше сдать анализы и на них.


⠀

Несколько других микроорганизмов, на наличие которых следует провериться:

• Gardnerella vaginalis
• Candida spp
• Mycoplasma hominis
• Ureaplasma urealyticum + parvum

Они являются условно-патогенными микроорганизмами и могут быть у одного партнера, а у другого нет.


⠀

Если вы хотите полностью предотвратить вероятность заражения или передачи вирусной инфекции — смело сдавайте анализы на все вышеперечисленное. Успехов в личной жизни и берегите себя!

Неокончательные образцы SARS-CoV-2 ПЦР в реальном времени

SARS-CoV-2 Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в реальном времени тестов могут быть неточными по двум причинам, как и все диагностические тесты. Ложноположительный результат ошибочно определяет человека как инфицированного, что приводит к ненужному карантину и отслеживанию контактов. Ложноотрицательные результаты гораздо более проблематичны, потому что инфицированные люди не могут изолировать себя и могут заразить других.

Использование полных контролей процесса в анализах SARS-CoV-2 в режиме реального времени RT-PCR повышает их точность за счет выявления ложноположительных и ложноотрицательных образцов. Когда ожидаемый результат для контроля получен, тест подтверждается как работающий в рамках спецификаций. Если элемент управления не дает ожидаемого результата, это означает, что рассматриваемый тест не соответствует ожидаемым характеристикам.

Оценка средств контроля SARS-CoV-2 перед анализом образцов

Перед оценкой результатов анализа образцов для обнаружения РНК SARS-CoV-2 положительный и отрицательный контроли должны быть исследованы и подтверждены как действительные и приемлемые. Кроме того, внутренний контроль также необходимо оценивать как в отношении положительного, так и отрицательного контроля.Если какой-либо из этих контролей недействителен, результаты пробы не следует интерпретировать.

Подробности, описывающие пороговые значения для тестов SARS-CoV-2 RT-PCR в реальном времени, можно найти в их руководствах. Пороговые значения основаны на пределе обнаружения (LOD) анализа. Анализ с низким LOD и пороговым значением с большей вероятностью обнаружит SARS-CoV-2 в образцах с низкой вирусной нагрузкой, которые могут быть пропущены анализами с более высокими LOD. Для получения дополнительной информации о чувствительности анализа и пределах обнаружения прочтите сообщение в блоге «Важность чувствительности в анализах ОТ-ПЦР в реальном времени от SARS-CoV-2».

Неверные результаты теста получаются, если положительный контроль или внутренние контроли не усиливаются или если отрицательный контроль усиливается. Если получен недействительный результат теста, образец необходимо повторно протестировать либо путем извлечения свежей РНК из существующего образца, либо путем сбора нового образца от пациента.

Неокончательные результаты тестирования SARS-CoV-2

Анализ

SARS-CoV-2 в реальном времени с помощью ОТ-ПЦР обычно оценивает наличие двух или более генов SARS-CoV-2 в образце.Сила сигналов для этих генов-мишеней зависит от вирусной нагрузки пациента. Присутствие одной генной мишени в пределах определенного диапазона Ct для SARS-CoV-2 — это все, что необходимо для определения положительного результата теста. Если одна генная мишень обнаружена на верхнем конце измеряемого диапазона, а другие мишени в анализе не обнаружены, образец необходимо повторно протестировать. Если неубедительные результаты получены во второй раз, образец необходимо повторно протестировать либо путем повторного извлечения свежей РНК из существующего образца, либо путем сбора нового образца от пациента и тестирования нового образца.

Советы по ПЦР в JAX — Техническая поддержка

Общие советы

• При сборе кончиков хвостов очищайте инструменты 70% этанола между животными.
• Используйте наконечники для пипеток с фильтром.
• Избегайте повторного замораживания и оттаивания нуклеотидов. Разберите небольшие объемы на аликвоты и храните при -70 ° C.
• НЕ проводите ПЦР в вентилируемом кожухе, так как это увеличивает риск перекрестного заражения.
• Перемешайте реакционную трубку осторожным постукиванием. Не перемешивайте смесь для ПЦР на вортексе.
• В последнюю очередь добавляют ДНК-полимеразу (Taq) в реакционную пробирку.
• Отрегулируйте напряжение и время электрофореза для улучшения разрешения полосы.
• Убедитесь, что аппарат ПЦР был правильно запрограммирован.
• Избегайте чрезмерного попадания продуктов ПЦР в гель; это может привести к перекрестному заражению или неправильной интерпретации результатов.

Протоколы генотипирования для мышей JAX

^® предоставляются в качестве отправной точки для разработки вашего собственного анализа.

Анализ, который хорошо работает в одной лаборатории, может не работать в другой. Условия и компоненты должны быть оптимизированы для условий вашей лаборатории. В некоторых случаях вам может потребоваться обширная оптимизация или разработка нового анализа для получения приемлемых результатов в ваших лабораторных условиях.

Изменить количество ДНК на реакцию.

Слишком много или слишком мало ДНК приведет к плохой амплификации. Запустите серию разведений образцов ДНК, включая неразбавленный образец, и образцы, разбавленные h3O в соотношении 1:10, 1: 100 и 1: 1000.Если вам известна концентрация каждого раствора ДНК, то для реакции ПЦР на 25 мкл обычно требуется ~ 5 нг высокоочищенной ДНК или 40-50 нг быстро приготовленной («грязной») ДНК (методы подготовки см. В протоколах выделения ДНК).

Тест «Цикл приземления» в качестве альтернативы мультиплексным реакциям ПЦР.

Цикл приземления

является обычным явлением для многих термоциклеров (инструкции см. В руководстве). Эта функция постепенно изменяет температуру на этапе отжига, чтобы приспособить пары праймеров с разными оптимальными температурами отжига.

Если мультиплексирование реакции неэффективно, разделите пары праймеров.

Если один продукт ПЦР является слабым или отсутствует в мультиплексной реакции, запустите отдельные реакции ПЦР для каждой пары праймеров и оптимизируйте их независимо.

Разведите свежие реагенты для ПЦР и / или выполните новое выделение / разведение ДНК.

Если есть неожиданные изменения в ваших результатах ПЦР (особенно в контроле) или при подозрении на контаминацию, получите свежеприготовленные реагенты.

Используйте другой протокол выделения ДНК.

Для большинства протоколов ПЦР достаточно быстрой «грязной» подготовки ДНК, но некоторые анализы улучшаются при использовании высокоочищенной ДНК. См. Протоколы выделения ДНК.

Грунтовки

Дважды проверьте последовательности праймеров, если контрольные полосы отсутствуют.

Если последовательность верна, рассмотрите возможность заказа новых праймеров, если проблема может быть связана с деградацией или скрытыми производственными ошибками.

Рассмотрите возможность разработки новых праймеров или нового анализа ПЦР.

Протоколы генотипирования

для мышей JAX ^® предоставлены в качестве отправной точки для разработки вашего собственного анализа.Ссылки основных исследователей, которые пожертвовали штамм, обычно содержат наиболее обширную генетическую информацию, необходимую для разработки новых праймеров и протоколов. Первичные ссылки можно найти во всех таблицах данных по штамму мышей JAX ^® .

Неспецифические полосы

Увеличьте или уменьшите температуру отжига.

Если ожидаемые полосы не усиливаются, снижение температуры отжига может способствовать более эффективному связыванию праймеров. Если полосы слабые, попробуйте увеличить время продления.

Если полос больше, чем ожидалось (неспецифические полосы амплифицируются), повышение температуры отжига может помочь устранить неспецифическое связывание праймера.

Попробуйте «Горячий старт», чтобы уменьшить количество неспецифических диапазонов.

Предварительно нагрейте термоциклер до 94 ° C перед добавлением образцов, или используйте полимеразу Taq, специфичную для горячего пуска (доступную от большинства компаний, продающих Taq), или используйте антитело к полимеразе Taq в реакционной смеси в соответствии с инструкциями производителя (т. Е. TaqStart, BD Biosciences / Clontech, инвентарный номер 639250).Отношение антител TaqStart к ДНК-полимерсе TaqStart 1: 1 обычно используется для процедуры горячего старта.

Используйте Perfect Match® PCR Enhancer для повышения специфичности.

Этот реагент дестабилизирует несовпадающие комплексы праймер-матрица для уменьшения артефактов ПЦР, тем самым способствуя амплификации правильных продуктов ПЦР.

Чтобы уменьшить количество ложноположительных результатов в анализах нео-генотипирования, используйте новые реактивы и чистое оборудование (наконечники для пипеток с фильтром, чистые пипетки, чистое лабораторное пространство и т.

Д.).

Загрязнение

Neo является обычным явлением и может привести к ложноположительным результатам при генотипировании мышей с использованием neo-специфических праймеров. Вы также можете разработать специфичный для мутаций анализ ПЦР, в котором используются специфичные для мутации (а не нео-специфичные) праймеры.

Изобретатель ПЦР никогда не говорил, что он не предназначен для обнаружения инфекционных заболеваний

23 октября 2020

Что было заявлено

Кэри Б. Маллис изобрела тест ПЦР, который используется в качестве теста на Covid-19.Он внезапно скончался в августе 2019 года.

Наш вердикт

Он действительно изобрел ПЦР — процесс, используемый для проверки того, есть ли у кого-то в настоящее время Covid-19. Он действительно умер в августе 2019 года.

Что было заявлено

Кэри Б. Муллис сказал, что его тест ПЦР не предназначен для выявления каких-либо инфекционных заболеваний.Он предназначен для сбора подписи ДНК и РНК тестируемого человека.

Наш вердикт

Он никогда этого не говорил. Это неправильное понимание его цитаты об ограничениях ПЦР-тестирования в целом, чтобы узнать о точных уровнях вируса в образце, а не о том, содержит ли образец вирус или нет.

В ряде постов в Facebook говорится о человеке, который изобрел тесты ПЦР, докторе Кэри Б.Муллис, и что это значит для тестирования на Covid-19. Один такой пост утверждает:

«[Д-р Муллис] сказал, что этот ПЦР-тест не предназначен для выявления каких-либо инфекционных заболеваний. Он разработан, чтобы собирать сигнатуры ДНК и РНК тестируемого человека ».

Нет абсолютно никаких доказательств того, что изобретатель процесса ПЦР сказал это. ПЦР используется для ряда научных процессов, и в целом она усиливает биты генетической информации, чтобы их можно было обнаружить в образцах.Но тесты ПЦР специфичны для ДНК, которую они проверяют, будь то ДНК человека или вируса, поэтому они не «предназначены» для сбора генетического материала тестируемого человека.

Что такое ПЦР?

В Великобритании тестирование, чтобы определить, есть ли у кого-то в настоящее время Covid-19, проводится с использованием чрезвычайно распространенного процесса, называемого ПЦР, и известного как ПЦР-тест. Это включает взятие мазка из горла и носа, а затем использование ПЦР для обнаружения генетического материала вируса, вызывающего Covid-19 (который называется SARS-CoV-2).

ПЦР, или полимеразная цепная реакция, — это как раз процесс, с помощью которого ученые могут обнаружить этот генетический материал. Лаборатория, проводящая тестирование, добавляет к образцу очень специфическое вещество, и если образец содержит какой-либо SARS-CoV-2, это вещество запускает цепную реакцию, которая создает достаточное количество копий генетического материала, чтобы его можно было обнаружить с помощью анализа.

PCR действительно был изобретен человеком по имени Кэри Б. Маллис, который умер в августе 2019 года, задолго до того, как Covid-19 начал распространяться в декабре 2019 года.

Он не сказал, что ПЦР нельзя использовать для тестирования на какие-либо заболевания, как утверждают некоторые сообщения в социальных сетях. Похоже, что замешательство возникло из-за его цитат из статьи о ВИЧ и СПИДе 1996 года. При этом ни автор статьи, ни д-р Маллис не заявили, что ПЦР-тестирование не работает или только идентифицирует ДНК или РНК тестируемого человека.

Автор цитирует доктора Маллиса, который сказал: «Количественная ПЦР — это оксюморон» в контексте тестирования вирусной нагрузки (количества присутствующего вируса) у людей с ВИЧ.Это не означает, что он считал, что тестирование с помощью ПЦР вообще не работает, но что существуют ограничения в обнаружении конкретных уровней вируса в образце с помощью тестирования с помощью ПЦР.

Специалисты по проверке фактов из австралийского Associated Press говорят, что, когда цитаты о ПЦР-тестировании ДНК тестируемого человека впервые появились в Интернете, они «приписывались не доктору Маллису, а онлайн-комментатору под названием« VirusGuy »».

Эта статья является частью нашей работы по проверке фактов на потенциально ложные изображения, видео и истории на Facebook.Вы можете узнать больше об этом и узнать, как сообщить о контенте Facebook здесь.

В рамках этой схемы мы оценили эту претензию как ложную.
поскольку он не сказал этого о ПЦР-тестировании на Covid-19, он говорил о количественном тестировании на вирусы.

Taq-полимераза является предпочтительным ферментом для полимеразной цепной реакции (ПЦР)

ДНК-полимераза является жизненно важным биологическим ферментом, который присутствует в репликации ДНК.В процессе ДНК копируется в две дочерние молекулы ДНК и синтезирует новую цепь ДНК из существующей цепи, добавляя дНТФ к растущей ДНК.

ДНК-полимераза выполняет две важные роли в репликации: активность экзонуклеазной полимеразы от 5 ’к 3’ и активность по проверке экзонуклеаз от 3 ’к 5’. Когда полимераза связывается с ДНК, она добавляет нуклеотид в направлении от 5 ’к 3’.

К сожалению, из-за того, что ДНК-полимераза отключается при более высокой температуре, она не подходит для такого типа репликации, который называется полимеразной цепной реакцией (ПЦР).С другой стороны, ДНК-полимераза Taq играет важную роль в ПЦР.

ДНК-полимераза

Taq представляет собой высокотермостабильную рекомбинантную ДНК-полимеразу. Он назван в честь Thermus aquaticus , термостойкой бактерии, от которой он изолируется. Молекулярная масса Taq-полимеразы составляет 94 кДа, и она амплифицирует ДНК до 5 кБ со скоростью удлинения 0,9–1,2 кБ / мин при 70-75 ° C.

Что такое полимеразная цепная реакция (ПЦР)?

Полимеразная цепная реакция

, или ПЦР, представляет собой метод репликации, который создает многочисленные копии определенной области ДНК in vitro (в пробирке, а не в организме).ПЦР используется в различных областях биологии и медицины, включая исследования молекулярной биологии, медицинскую диагностику и экологию.

ПЦР основывается на Taq-полимеразе, термостабильной ДНК-полимеразе. Для этого также требуются праймеры ДНК, разработанные специально для интересующей области ДНК, а также матричная ДНК и нуклеотиды (строительные блоки ДНК).

В реакции ПЦР вы соберете ключевые ингредиенты в пробирке вместе с кофакторами, которые требуются ферменту. Ингредиенты проходят повторяющиеся циклы нагрева и охлаждения, в результате которых синтезируется ДНК.

Есть также три основных шага, которые необходимо выполнить для достижения ПЦР, в том числе:

• Денатурация (96 ° C ): Сильно нагрейте реакцию, чтобы отделить или денатурировать нити ДНК.
• Отжиг (55-65 ° C ): Охладите реакцию, чтобы праймеры могли связываться со своими комплементарными последовательностями на одноцепочечной матричной ДНК.
• Удлинение (72 ° C ): Повысьте температуру реакции, чтобы полимераза Taq удлиняла праймеры, синтезируя новые цепи ДНК.

Цикл повторяется 25-35 раз в типичной реакции ПЦР, которая обычно занимает 2-4 часа, в зависимости от длины копируемого участка ДНК. Если реакция эффективна, целевая область может вырасти от одной или нескольких копий до миллиардов.

Роль Taq-полимеразы в ПЦР

Благодаря своей ключевой роли в синтезе и амплификации новых цепей ДНК, ДНК-полимераза Taq необходима для полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Как и другие ДНК-полимеразы, Taq-полимераза может производить ДНК только в том случае, если у нее есть праймер, короткая последовательность из 20 нуклеотидов, которая обеспечивает отправную точку для синтеза ДНК.Однако это также термостабильная ДНК-полимераза, которая может работать при более высоких температурах.

ДНК-полимераза

Taq очень эффективна, поэтому она становится полностью функциональной при достижении оптимальной температуры. Он также имеет период полураспада более двух часов (при температуре 92 ° C), высокую способность к амплификации и способность добавлять 150 нуклеотидов в секунду.

Выберите G-Biosciences для своей PCR Essentials

Компания G-Biosciences предлагает широкий выбор наборов и продуктов для ваших приложений ПЦР и ДНК-полимеразы Taq.Чтобы разместить заказ, посетите наш сайт сегодня.

Стандартный тест на коронавирус, если он доступен, работает хорошо, но могут ли новые методы диагностики помочь в этой пандемии? | Наука

Врач в Германии готовит мазок для анализа на коронавирусную инфекцию.

Дэниел Рейнхардт / фото альянс через Getty Images

Автор Роберт Ф.Service 22 марта 2020 г., 12:15

По мере того, как Соединенные Штаты стремятся активизировать тестирование на пандемический коронавирус с использованием технологии, основанной на проверенной и проверенной полимеразной цепной реакции (ПЦР), начинают внедряться альтернативные подходы, которые могут упростить и ускорить изучение людьми того, нужно ли они были инфицированы. Некоторые методы модифицируют стандартный тест ПЦР, который усиливает крошечные кусочки генетического материала для обнаружения, тогда как другие секвенируют вирус напрямую или используют редактор генома CRISPR.

Грядут более быстрые и дешевые тесты, — говорит Эван Джонс, генеральный директор OpGen, компании по быстрой диагностике. Однако, добавляет он, разработка новых видов тестов «займет время». Некоторые из новых тестов уже поступают в онлайн, но для проверки других, вероятно, потребуются месяцы, и они будут готовы к широкому распространению.

«Тестирование, тестирование, тестирование» — это мантра, которую снова и снова повторяет Генеральный директор Всемирной организации здравоохранения Тедрос Адханом Гебрейесус. Диагностические тесты, выявляющие активные инфекции у людей, жизненно важны для усилий общественного здравоохранения, а не только для здоровья людей.Широко распространенное диагностическое тестирование, наряду с изоляцией инфицированных, отслеживанием контактов и помещением в карантин этих контактов, похоже, сыграло ключевую роль в работе Южной Кореи по подавлению распространения вируса.

Связанные

В Соединенных Штатах медленное развертывание ПЦР-тестов на коронавирус широко объясняется сочетанием строгих правил, направленных на обеспечение их надежности, и сложной сетью компаний и систем здравоохранения, ответственных за разработку, проведение и оплату тестов.Администрация Трампа заявляет, что тестирование ускоряется. 16 марта на пресс-конференции в Белом доме помощник министра здравоохранения и социальных служб США Бретт Джируар заявил, что страна сможет обработать 1 миллион тестов к концу недели и 2 миллиона на следующей неделе. Но реальные цифры еще не близки к этому. Согласно данным, собранным в рамках проекта отслеживания COVID, некоммерческого сотрудничества представителей общественного здравоохранения и журналистов по подсчету тестов, проведенных в Соединенных Штатах, по состоянию на 22 марта была проведена 191 541 диагностика ПЦР, из которых 24 345 оказались положительными на вирус.

29 февраля Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) опубликовало новые правила, разрешающие экстренное использование тестов на коронавирус помимо тех, которые производятся и распространяются Центрами США по контролю и профилактике заболеваний. Академические вирусологические лаборатории, департаменты здравоохранения и компании начали создавать свои собственные тесты ПЦР. Сегодня около четырех десятков организаций получили одобрение FDA на свои тесты. Среди крупнейших — диагностические компании, такие как Roche Molecular Systems, получившая на этой неделе зеленый свет на проведение испытаний FDA.По словам Александра Валсамакис, главного медицинского директора компании, первоначально он будет предоставлять около 400 000 тестов в неделю в США и 3 миллиона во всем мире. Другие крупные компании также недавно получили одобрение на свои тесты, в том числе Thermo Fisher Scientific и Abbott Laboratories.

университетских вирусологических лабораторий также вскочили в лазарет, чтобы помочь диагностировать случаи заболевания поблизости от них. Например, на прошлой неделе врачи Медицинского центра Университета Питтсбурга (UPMC) начали использовать самодельный ПЦР-тест для проверки на наличие инфекции в округе Аллегейни.На данный момент количество тестов остается небольшим, около 100 в неделю. «Нам определенно хотелось, чтобы мы начали это раньше, — говорит Алан Уэллс, возглавляющий клинические лаборатории UPMC.

ПЦР — это наиболее часто используемый тест для диагностики коронавируса, поскольку он очень точен. (См. Как работает наиболее распространенный тест на коронавирус?) Но другие проблемы ограничивают его. «Нам не удалось добиться необходимых результатов», — говорит Стивен Волински, врач-инфекционист Северо-Западного университета. Каждый тест занимает около 4 часов после того, как образец поступает в централизованную лабораторию тестирования, с разделением времени между подготовкой образца и фактическим тестом ПЦР.С транспортом и очередями получение результата может занять от 2 до 4 дней. За это время инфицированные люди могут передать вирус многим другим.

Самостоятельная тампона

В диагностический ландшафт коронавируса добавляется еще одно новое измерение: «домашние» тесты, которые включают отправку образца, взятого дома, в лабораторию. Например, завтра Everlywell планирует начать поставки комплектов на дом и в розничные аптеки. Эти тесты начнутся со скрининговых вопросов в Интернете или в магазине, чтобы определить, вероятно ли, что человек подвергся воздействию вируса.Если да, они могут получить набор для отбора проб из носоглотки по почте или купить его у местного продавца. Человеку будут даны подробные инструкции о том, как ввести свой мазок, вставить его в защитный флакон и в течение ночи отправить его по почте в одну из десятков диагностических лабораторий (которые сотрудничают с Everlywell и уже имеют одобрение FDA) для анализа ПЦР.

Фрэнк Онг, главный медицинский и научный директор Everlywell, говорит, что компания рассчитывает быстро вырасти с тысячи таких тестов в день до десятков тысяч.Хотя каждый тест, вероятно, потребует 4-дневного ожидания результатов, говорит Онг, эта стратегия домашнего отбора проб имеет серьезные преимущества: она защитит медицинских работников от воздействия потенциальной инфекции и высвободит их время. «Нам нужно убедиться, что мы даем им возможность позаботиться о пациентах», — говорит Онг. Другие компании, в том числе Nurx и Carbon Health, заявляют, что теперь они поставляют ограниченные запасы собственных наборов для взятия проб в домашних условиях.

Большинство тестов ПЦР на новый вирус проводится на больших дорогих автоматизированных машинах, которые выполняют множество тестов одновременно.Они есть в крупных больницах или диагностических центрах, но сейчас начинает разворачиваться еще один вариант — меньшие по размеру и менее дорогие устройства, которые также выполняют амплификацию нуклеиновых кислот. Они могут использоваться небольшими больницами и даже отдельными врачебными кабинетами.

В пятницу, например, компания Cepheid, которая продает небольшие системы ПЦР для быстрого обнаружения вирусов гриппа, бактерий туберкулеза и других микробов, получила одобрение FDA на экстренное использование тест-картриджа на коронавирус 2 (SARS-CoV-2), который предназначен для экстренного использования. в систему GenXpert компании, устройство размером с кофемашину, которое может выдать диагностический результат всего за 45 минут.Официальные лица Cepheid говорят, что во всем мире установлено 23 000 таких систем, из них 5000 — в Соединенных Штатах. 19 марта GenMark получил одобрение FDA на экстренное использование собственных тестов на коронавирус, которые проводятся на машинах аналогичного размера, в которых используется запатентованный электрохимический подход для обнаружения целевого генетического материала менее чем за 2 часа. Другие компании, спешащие поставить диагностические аппараты для пунктов оказания медицинской помощи, включают Mesa Biotech, HiberGene, Mobidiag и QuantuMDx.

То же самое и с такими компаниями, как Oxford Nanopore и Fulgent Genetics, которые вместо использования ПЦР напрямую секвенируют любой генетический материал в образце, а затем ищут совпадения, скажем, с новым коронавирусом.Этот подход к высокоскоростному секвенированию генов может помочь охарактеризовать геном коронавируса, чтобы лучше понять, как вирус развивается, но он также может быть диагностическим в определенных ситуациях, таких как удаленные сайты без доступа к ПЦР. Портативные устройства Oxford Nanopore использовались во время вспышек лихорадки Эбола, и компания отправила их в Китай на ранних этапах пандемии.

CRISPR для тестирования

Самый быстрый способ тестирования на коронавирус в конечном итоге может быть предложен компаниями, использующими редактор генома CRISPR, более известный тем, что он добавляет или удаляет ДНК в клетках.Две американские компании, Mammoth Biosciences и Sherlock Biosciences, заявляют, что они создали тесты на основе CRISPR и в настоящее время проверяют их на образцах пациентов, прежде чем обращаться за разрешением на экстренное использование в FDA. Метод начинается с образца пациента, извлекается вирусная РНК и используется тест быстрой амплификации нуклеиновых кислот, называемый петлевой амплификацией, чтобы получить ровно столько РНК, чтобы тест мог ее обнаружить. Затем исследователи добавляют два компонента редактора генома CRISPR: белок под названием CAS12, который разрезает ДНК или РНК, и «направляющую» РНК, которая вставляется в CAS12 и помогает ему найти последовательность, соответствующую части генома коронавируса.Если CAS12 и его руководство находят совпадение в РНК, CAS12 связывается с этой совпадающей РНК, которая активирует CAS12, чтобы разрезать ее и продолжить разрезать любые другие короткие цепи РНК или ДНК поблизости, включая копии цепи, предназначенные для высвобождения цвета. — изменение молекул, когда CAS12 отсекает их. Результатом может быть простое изменение цвета тест-полоски.

Этот метод отлично подходит для поиска небольших фрагментов генетического материала, говорит Дженнифер Дудна, биохимик из Калифорнийского университета (UC), Беркли, пионер CRISPR, председатель научного консультативного совета Mammoth Biosciences.

В препринте, опубликованном 10 марта на medRxiv, исследователи из Mammoth Biosciences и Калифорнийского университета в Сан-Франциско сообщают, что тесты на клинических образцах дали результаты с точностью, сравнимой с ПЦР, всего за 30 минут. Он использует простую бумажную полоску с цветной линией, которая появляется с положительным результатом. По словам Тревора Мартина, генерального директора Mammoth, компания обсуждает с партнерами производство наборов для тестирования, которые позволят быстро и дешево диагностировать инфекцию SARS-CoV-2 в домашних условиях, не требуя медицинских знаний.

На завершение теста и получение одобрения регулирующих органов могут уйти месяцы, поэтому, скорее всего, он не будет готов в ближайшие решающие недели. Но он может быть готов, если распространение коронавируса продолжится. Некоторые предсказывают, что вирус тоже исчезнет, ​​но осенью снова появятся инфекции. Мартин говорит, что для получения результатов не потребуются машины для ПЦР, управляемые обученными специалистами. «Это изменило бы правила игры» в нашей реакции на возникающие болезни, — говорит Мартин.

Проблемы со снабжением

Несмотря на то, что компании и академические лаборатории расширяют свои усилия по диагностике на основе ПЦР, больницы и центры тестирования по всей стране сообщают, что они столкнулись с более серьезным кризисом: у многих заканчиваются химические вещества и другие материалы, которые позволяют проводить тесты, такие как тампоны для сбора образцов у пациентов и реагенты, необходимые для ПЦР.Бенджамин Пински, патолог Стэнфордского университета, который разработал диагностический тест на основе ПЦР, используемый в Северной Калифорнии, говорит, что его лаборатория сталкивается с постоянной нехваткой различных материалов, в первую очередь наборов, используемых для извлечения РНК из вирусных образцов, прежде чем ее можно будет загрузить в ПЦР-машины.

«Это был большой вызов», — говорит Пинский. «Мы должны были быть очень ловкими, чтобы справиться с этим», постоянно меняя поставщиков или даже химические процедуры, которые необходимо проверять, прежде чем их можно будет использовать на образцах пациентов.Его команда даже разослала в Твиттере просьбы к сообществу Стэнфорда и региональным биотехнологическим компаниям с просьбой пожертвовать наборы реагентов, такие как наборы от Zymo и Qiagen. По словам Пинского, даже несмотря на то, что поступают пожертвования, запасов по-прежнему не хватает.

Реагентные компании пытаются ответить. Например, Qiagen, крупный поставщик наборов для экстракции РНК, объявил во вторник, что его сотрудники работают круглосуточно, чтобы увеличить производство с 1,5 миллиона наборов в месяц до 6.5 миллионов в месяц до конца апреля, а позже увеличится.

Пинский, например, говорит, что он готов к тому, чтобы компании полностью взяли на себя тестирование на коронавирус у таких ученых, как он сам. «Я надеюсь, что эти компании смогут провести обещанное тестирование», — говорит Пинский. «Это еще предстоит выяснить.»

Как работают тесты на коронавирус в горле и носу: метод RT-PCR, объяснение

• Один из лучших способов выяснить, насколько далеко в сообществе распространился такой вирус, как COVID-19, — это проверить его.
• Это пошаговое руководство объясняет, как работают тесты мазка из носа и горла на коронавирус и почему лабораторным часто требуется больше суток для получения результатов.
• Не думайте, что вы в безопасности только потому, что ваш тест отрицательный. Даже если у вас коронавирус, тест может не оказаться положительным.
• Посетите домашнюю страницу Business Insider, чтобы узнать больше.

У меня коронавирус?

На этот, казалось бы, простой вопрос сложно дать окончательный ответ.

Во-первых, характерные симптомы COVID-19 (болезни, вызываемой вирусом) часто могут имитировать другие болезни, такие как грипп или

простуда
.

Тестирование на COVID также не является верным способом узнать, так или иначе, если у вас коронавирус.

Самый точный тип тестирования на COVID-19, молекулярный, начинается с проникновения глубоко внутрь носа и горла человека для извлечения мокроты — мусора, который выделяется при кашле, чихании, плевании и даже пении.Эту глотку, в свою очередь, можно проверить на наличие некоторых контрольных генов коронавируса.

Но если инфекция больного человека не живет в том месте, где его взяли, его инфекция не обнаружена в нужный момент или его образец не собран должным образом, его тест все равно может дать отрицательный результат.

Тем не менее, эти типы лабораторно подтвержденных тестов (не путать с менее точными, быстрыми, 15-минутными видами мазков из носа, которые становятся все более доступными по всей стране) работают довольно хорошо.

Вообще говоря, тесты на молекулярный коронавирус выявляют более семи из каждых 10 случаев заражения COVID-19, на которые они охотятся.

Вот как на самом деле работают эти тесты RT-PCR * в реальном времени, от начала до конца:

«Кто вы тестируете, и когда они тестируют, и когда вы их тестируете, и образцы, которые вы используете для сбора, все действительно влияет на выполнение теста «, — заявила журналистам доктор Яна Бродхерст, директор клинической лаборатории отделения биологической защиты в Небраске, во время телефонной конференции SciLine в апреле.

По оценкам Бродхерста, примерно 30% тестов на коронавирус могут дать отрицательный результат, даже если у человека действительно есть вирус в организме. Другой научный обзор ПЦР-тестов на коронавирус, опубликованный в мае, также показал, что ложноотрицательные результаты возникают в 2–29% случаев. (Вероятность ложноположительного теста, который предупредит пациента о наличии вируса, хотя на самом деле его нет, намного меньше.)

Медицинский работник проверяет людей на тестовой станции, находящейся в ведении департамента здравоохранения штата, на предмет людей, подозревающих, что у них новый коронавирус, в Денвере, штат Колорадо, 11 марта 2020 года.Джим Уркхарт / Reuters

Вот почему, если у вас есть симптомы COVID-19, лучше всего оставаться дома в течение 14 дней и помещаться на карантин, независимо от того, что могут показать результаты вашего теста.

Тесты ОТ-ПЦР в реальном времени не могут определить, был ли у вас COVID-19 в прошлом (это делают анализы крови, которые проверяют наличие антител к коронавирусу).Вместо этого тесты RT-PCR предназначены для выявления продолжающейся инфекции.

* ОТ-ПЦР обозначает полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией. Обратная транскрипция превращает вирусную РНК в ДНК, которую ферменты полимеразы могут затем должным образом амплифицировать. Этот процесс также называется ОТ-ПЦР в реальном времени, потому что реакция ПЦР измеряет амплификацию генов коронавируса в реальном времени.

Особая благодарность д-ру Джеффри СоРелле, д-ру Алексу Гренингеру и количественному редактору Business Insider Энди Кирсу за их экспертное руководство по внутренней работе RT-PCR в реальном времени.

Изначально эта история была опубликована 15 апреля 2020 года. Она была дополнена новой информацией.

Загрузка Что-то загружается.

Быстрый тест на COVID-19 показывает многообещающие результаты в условиях тестирования сообщества

Волонтеры UCSF работают на всплывающем полигоне для тестирования COVID-19 около станции 16th Mission BART. Тестирование было частью серии инициатив Unidos en Salud — партнерства между UCSF и Целевой группой латиноамериканцев по COVID-19. Фото Майка Кая Чена / Unidos en Salud

Предварительные данные исследования Калифорнийского университета в Сан-Франциско и ученых Чана Цукерберга Biohub показывают, что новые быстрые тесты на COVID-19, которые сейчас распространяются среди департаментов общественного здравоохранения по всей стране, могут стать ценным инструментом для ускорения ответные меры общественного здравоохранения на COVID-19. Новые тесты — при правильном использовании и в качестве дополнения к существующему золотому стандарту ПЦР-тестирования — обещают использовать в условиях сообщества для быстрого и доступного выявления людей с симптомами и без них, которые с наибольшей вероятностью могут быть активно заразными, людей, которые должны быть Исследователи говорят, что наивысший приоритет изоляции для предотвращения дальнейшей передачи.

С начала пандемии COVID-19 правительства, предприятия и поставщики медицинских услуг использовали тесты на основе ПЦР для выявления людей, инфицированных вирусом SARS-CoV-2. Эти тесты очень чувствительны, но также дороги, требуют специального оборудования и могут занять несколько дней, чтобы получить результаты, что часто слишком медленно для эффективного инфекционного контроля.

В последнее время так называемые быстрые тесты — менее чувствительные, чем ПЦР, но способные обеспечить результаты через 15–30 минут — стали потенциальным дополнением к ПЦР-тестированию.27 августа Министерство здравоохранения и социальных служб США (HHS) объявило, что федеральное правительство закупило 150 миллионов экспресс-тестов BinaxNOW на COVID-19, разработанных и изготовленных Abbott, и в настоящее время они отправляются в департаменты здравоохранения по всей стране. страна ускорит тестирование COVID-19.

На данный момент эти тесты одобрены для клинического использования только поставщиками медицинских услуг для диагностики людей с подозрением на COVID-19 и в течение первых семи дней с момента появления симптомов.Но исследователи UCSF / Biohub, которые с апреля проводят тестирование COVID-19 на уровне сообщества, намеревались оценить, как быстрые тесты работают в среде тестирования сообщества под открытым небом. Исследователи стремились оценить, достаточно ли точны эти тесты, чтобы быстро идентифицировать людей с наивысшим приоритетом для изоляции.

«Наши результаты показывают, что этот тест, вероятно, станет ценным дополнением к нашему арсеналу в борьбе с COVID-19. Они недороги и достаточно быстрые, чтобы мы могли проводить их гораздо чаще, чтобы помочь остановить волну инфекции в местах и ​​группах населения, которые в этом больше всего нуждаются », — сказал со-президент CZ Biohub Джо ДеРизи, доктор философии, профессор кафедры биохимии. и биофизика в UCSF, команда которой провела анализ тестов BinaxNOW в CLIAhub, совместной диагностической лаборатории UCSF / Biohub COVID.«Мы рады, что можем предоставить эти данные нашим давним партнерам из Министерства здравоохранения Калифорнии, чтобы проинформировать их о развертывании сотен тысяч тестовых наборов, которые в настоящее время поставляет HHS».

Экспресс-тесты, прошедшие оценку в рамках третьей общественной инициативы Unidos En Salud

В конце сентября Unidos En Salud, партнерство между UCSF и Целевой группой латиноамериканцев по COVID-19, которое с апреля задокументировало огромное влияние пандемии на латиноамериканское сообщество города, провело свою третью инициативу бесплатного тестирования сообщества в миссии Сан-Франциско. Округ.В рамках этой инициативы в сотрудничестве с администрацией города и округа Сан-Франциско, BART (Bay Area Rapid Transit) и SFMTA (Муниципальное транзитное агентство Сан-Франциско) было проведено тестирование на основе ПЦР с низким барьером на 16-й улице и Mission BART Plaza для всех. прибывшие, без необходимости записи на прием, удостоверения личности или свидетельства о страховании. По просьбе общины неподалеку была открыта клиника вакцинации против гриппа.

Удалите этот текст и используйте кнопку вставки, чтобы добавить изображение.

Результаты испытаний на COVID-19

Ключевые результаты ПЦР

• Низкобарьерный тест на крупном узле общественного транспорта был предложен 878 людям в течение трех дней

• 26 человек (3 процента) дали положительный результат ПЦР.Среди ПЦР-положительных лиц 42 процента не имели симптомов

• 81 процент ПЦР-положительных лиц были латиноамериканцами. Латиноамериканцы составили 69 процентов всех протестированных

• По сравнению с другими категориями рабочих мест, процент положительных результатов ПЦР был в 2,8 раза выше у работников пищевых продуктов и напитков и в 8,3 раза у поденщиков

• Среди всех протестированных, 82 процента сообщили, что использовали маски для работы / поручений; 51 процент — социальные функции; 10 процентов дома

• 58 процентов всех протестированных использовали общественный транспорт в день тестирования.Среди положительных результатов ПЦР 56% использовали общественный транспорт в день тестирования

  .

Ключевые выводы BinaxNOW

• Data поддерживает расширенное использование BinaxNOW людьми с симптомами и без них.

• Чувствительность: BinaxNOW обнаружил 93,3 процента лиц, считающихся вероятными заразными (14 из 15 положительных результатов ПЦР с высокой вирусной нагрузкой)

• Специфичность: Тест BinaxNOW отрицательный для 99,9% лиц, считающихся менее вероятными заразными (862/863 отрицательный ПЦР или положительный результат ПЦР с низкой вирусной нагрузкой)

В дополнение к текущим целям инициативы по выявлению распространенности COVID-19 в Миссии и внедрению передовых методов тестирования на уровне сообществ, сентябрьское исследование имело дополнительную цель — оценить производительность экспресс-теста BinaxNOW в реальных условиях. настройка мира.

Участники предоставили один образец мазка из носа для стандартного тестирования COVID-19 на основе ПЦР в CLIAhub, а второй был вставлен в карту BinaxNOW, так называемый анализ бокового потока, который обнаруживает белки, связанные с вирусом SARS-CoV-2. Карточка может быть легко прочитана квалифицированным специалистом, как тест на беременность: через 15 минут одна линия означает отрицательный результат, две линии — положительный результат. (Поскольку тест BinaxNOW еще не прошел валидацию для использования в условиях сообщества, участники инициативы по тестированию получили только результаты тестов ПЦР.)

«Для Целевой группы было важно принять участие в творческих нововведениях в нашем ответе на этот вирус, который непропорционально сильно поразил латиноамериканское сообщество в Сан-Франциско и других местах», — сказал Джон Джакобо, председатель комитета по здравоохранению Целевой группы по латиноамериканцам. «Наше видение будущего заключается в том, что эти быстрые тесты могут быть использованы для обеспечения того, чтобы, когда члены нашего сообщества дали положительный результат, мы могли немедленно поддержать домохозяйства и места работы, чтобы гарантировать, что все затронутые люди знают свой статус и им предоставлены ресурсы для успешного укрытия в место.”

Экспресс-тесты выявляют самые инфекционные случаи; Отрицательные результаты не исключают заражения

За три дня в рамках инициативы было протестировано 879 человек. Двадцать шесть человек дали положительный результат на тестах ПЦР и были подключены к медицинской помощи и поддержке для изоляции в рамках модели «тест на помощь», которую Unidos en Salud разработала и реализовала в партнерстве с Департаментом общественного здравоохранения Сан-Франциско.

Результаты показали, что уровень заражения COVID-19 значительно снизился после августовской инициативы группы по тестированию сообщества — со среднего уровня положительных результатов 9% в начале августа до 3% в конце сентября, что отражает общие тенденции в Сан-Франциско.Однако тестирование также показало, что вирус продолжает преимущественно и непропорционально поражать латиноамериканское сообщество.

Сравнение результатов ПЦР и BinaxNOW от одних и тех же людей показало, что экспресс-тесты точно идентифицировали 14 из 15 (93%) лиц, которые с наибольшей вероятностью были активно заразными, если судить по большому количеству вируса, обнаруженному в их образцах с помощью ПЦР; почти у половины этих людей на момент тестирования не было симптомов.

Одиннадцать человек с отрицательными результатами теста BinaxNOW были положительными на тестах ПЦР, хотя у всех были более низкие уровни вируса, чем у тех, у кого были положительные результаты экспресс-тестов.Эти результаты показывают, что тесты не позволяют четко разграничить неинфицированных людей и людей с более низким уровнем вируса, например, на самой ранней или более поздней стадии заражения. Исследователи рекомендуют людям с отрицательными результатами экспресс-тестов, которые относятся к группе повышенного риска или которые контактируют с уязвимыми группами населения, такими как пожилые люди или люди с ослабленным иммунитетом, должны пройти дополнительные подтверждающие тесты, поскольку риск распространения вируса все еще существует.

«Преодоление этой пандемии можно ускорить, если мы сможем развернуть и принять меры по быстрому тестированию, которое выявляет наиболее заразных и нуждающихся в изоляции людей, многие из которых могут протекать бессимптомно», — сказала главный исследователь исследования Дайан Хэвлир, доктор медицинских наук. руководитель отдела UCSF по ВИЧ, инфекционным заболеваниям и глобальной медицине в больнице общего профиля и травматологическом центре Цукерберга Сан-Франциско (ZSFG).«ПЦР остается золотым стандартом, но стратегическая комбинация этих тестов может помочь в учреждениях общественного здравоохранения, где быстрые результаты и знание риска передачи в день тестирования имеют решающее значение».

«Важно подчеркнуть, что эти тесты помогут остановить эпидемию, когда они охватят наиболее затронутые группы населения, и будут сочетаться с группами поддержки и быстрого реагирования на уровне сообществ в дополнение к ношению масок, социальному дистанцированию и мытью рук.